ספר הפסיפסים הוא סיכום אנציקלופדי של מחקר רב־תחומי אקדמי־מדעי, שיטתי ומעמיק. הוא מציע מסגרת סיסטמטית לזיהוי, סיווג ומיון טקסונומי של מיני הצמחים, העופות והיונקים, וכן מינים נבחרים של בעלי חיים מימיים בדימויי הפסיפס בארץ־ישראל והמרחב הסובב לה.

ספר זה מבוסס על מתודולוגיה ביולוגית־חקלאית שיטתית לבחינת הדימויים הפיגורטיביים בפסיפסים קדומים. נקודת המוצא היא זיהוי מדעי של מינים, שלבי התפתחות ותהליכי תירבות וביות, תוך שילוב ידע בוטני, זואולוגי ואגרוטכנולוגי.

מדובר בבחירה אפיסטמולוגית מודעת: התבוננות בדימוי לא כעיטור בלבד, אלא כעדות חומרית־חזותית לידע סביבתי, חקלאי וכלכלי. הגישה מבקשת לבחון את הממצא באמצעות כלי סיווג ומיון טקסונומיים, ולהעמיד את הדיון על בסיס זיהוי מדויק וריאליה מתועדת.

במישור הבוטני עוסק המחקר בזיהוי מיני הצמחים ובניתוח מיקומם והופעתם בדימויי הפסיפס, תוך בחינת תולדות תירבות הצמחים בעת העתיקה והיבטים אגרוטכנולוגיים של גידול, שינוע, עיבוד והגשה למאכל. הדיון משלב הקשרים כלכליים ותרבותיים ומעמיד את הדימוי החזותי כחלק ממערכת ייצור, מסחר וייצוג של שפע.

במישור הזואולוגי נערך מחקר שיטתי של עופות ויונקים, הכולל סקירה מקיפה, מיון טקסונומי וניתוח בהקשרים שונים: בתי גידול טבעיים, תפיסה בשבי, שימוש בבעלי חיים לצורכי מזון, עבודה וציד, הצגת יכולות ביות וקשרי מסחר בין־אזוריים.

לצד המיפוי הבוטני והזואולוגי, הספר מדגיש את הרובד התרבותי של הדימויים: ייצוגי שפע, פריון וברכה, תפיסות של בעלות ושליטה בטבע, ותהליכי ביות ותירבות ארוכי־טווח של צמחים ובעלי חיים לתועלת האדם.

הפסיפסים נבחנים כזירה שבה משתלבים ידע חקלאי, אידאולוגיה של שגשוג, היררכיות חברתיות וכלכלת משק — מן השדה והכרם ועד שולחן הסעודה והמרחב הציבורי. כך מתברר כי הדימוי האמנותי אינו רק תיעוד של מציאות קיימת, אלא גם הצהרה תרבותית מודעת על סדר, שפע ויכולת אנושית לעצב את הסביבה הטבעית.