המנזר יוסד בשנת 1927 לאחר רעידת אדמה שהתחוללה בישראל באותה השנה, ופגעה קשות בערים: צפת, רמלה, לוד ושכם. האתר הוקם על ידי הבישוף האיטלקי פארינה, תחת השפעתו של הפטריארך הלטיני לואיג'י ברלסינה. תפקידו היה אירוח, עלייה לרגל ומקום תפילה לצליינים. הפטריארך הקים בדיר ראפאת כנסייה לכבוד מריה, שמטרתה להגן על ארץ ישראל מפני אסונות. זו סיבת שמה של הכנסייה גבירתנו מלכת פלשתינה (Regina Palaestinae). 

בראשית ימיו של המנזר הוא אוכלס על ידי מסדר אחיות סנטה דורותי, אשר באו לישראל מאיטליה בשנת 1927. בראשות האם ברתילה.

בשנת 2009, ביקש הפטריארך מירושלים מהנזירות של בית ג'מאל להעביר כמה נזירות לדיר ראפאת, כדי להמשיך את מסורת אירוח הצליינים שם. כיום מתגוררות חיות במנזר דיר ראפאת כ-15 נזירות מצרפת בעיקר.

כיום המנזר מוחזק על ידי נזירות מסדר האחיות בית לחם. הנזירות דוברות צרפתית. הן מפרנסות עצמן ומטפלות בילדות יתומות או ממשפחות מצוקה המצויות בבית הספר של המנזר. 

במנזר דיר ראפאת מתקיים כיום גם בית הארחה לצליינים נוצרים. 

בראש גג הכנסייה, מעל לכניסה, פסל מרים מברונזה, שמברכת ושומרת על הארץ מאסונות. למרגלותיה שני מעגלים ובהם האותיות: A ,M – תחילת הברכה "אווה מריה". 

מילות חלקה הראשון של תפילת "אווה מריה" הן ברכתו של המלאך גבריאל למרים. הברכה נזכרת בספר הבשורה על-פי לוקאס, פרק א' פסוק כ"ח.  "שלום לך, מרים" היא הפנייה הנפוצה והפופולרית ביותר אל הבתולה מרים הקדושה.

מילות התפילה "אווה מריה"